Dieses klassische Gebäude wurde ursprünglich als Ort zur Abwicklung von Geschäften der Händler der Stadt erbaut. Diese Geschäfte hatten sie traditionell auf den Treppen der Kathedrale abgespielt; bei schlechtem Wetter haben sie ihre Geschäfte jedoch in das Innere der Kirche verlegt, was zu ständigen Problemen mit dem Kirchenrat führte. Infolgedessen übersandte der Erzbischof der Stadt, Cristóbal de Rojas y Sandoval, im Jahre 1572 ein Protestschreiben an Philipp II. Noch im gleichen Jahr ordnete der König den Bau des Handelszentrums an. Die Baupläne stammen vom Architekten des El Escorial, Juan de Herrera. Das Fundament des Gebäudes gleicht den Höhenunterschied auf dem Gelände aus.

Der Grundriß ist quadratisch mit 70 Meter langen Seiten und einem großen, ebenfalls quadratischen Innenhof. An der hinteren Fassade befindet sich das sogenannte Siegesdenkmal (Monumento del Triunfo), das in Erinnerung jenes Gottesdienstes errichtet worden ist, der hier in Fortsetzung des in der Kathedrale begonnenen und aufgrund des Erbebens von Lissabon unterbrochenen Gottesdienstes abgehalten wurde. Karl III. beschloss, das Handelszentrum in ein Archiv umzuwandeln, in dem alle Dokumente über spanische Besitzgüter in den spanischen Kolonien, genannt „Las Indias“, aufbewahrt werden sollten. Die Umbauarbeiten wurden zwischen 1785 und 1789 vom Architekten Luis de Cintora geleitet. Hervorzuheben ist in diesem Zusammenhang die beeindruckende Haupttreppe aus farbigem Marmor, was die weitere Beibehaltung der Traditionen des Barocks in dieser bereits spätbarocken Epoche und deren Behauptung gegenüber neoklassischen Strömungen unter Beweis stellt. Die Mahagoni-Regale wurden vom Bildhauer Blas Molner geschaffen. Die beeindruckende Sammlung des Archivs mit 43.175 Akten und ca. 3.400 Landkarten sind von grundlegender Bedeutung für das Verständnis der Eroberung und der Kolonialisierung Amerikas.