Ce bâtiment classique vit le jour afin d’être le lieu des transactions des marchands de la ville. Ceux-ci, traditionnellement, les réalisaient sur les marches de la Cathédrale, mais, lorsqu’il faisait mauvais temps, ils envahissaient l’intérieur du temple, ce qui était très mal vu par le Chapitre. En conséquence, Cristóbal de Rojas y Sandoval, archevêque de la ville, envoya des lettres de protestation à Philippe II en 1572. Cette même année, le roi décida de construire la Lonja. Les plans sont de Juan Herrera, le concepteur del Escorial. La construction a été faite sur un soubassement qui surmonte les dénivellements du terrain.

Elle constitue un carré de 70 mètres de côtés avec un grand patio central, également carré. A côté de la façade arrière se situe un monument appelé del Triunfo qui a été érigé afin de commémorer la Messe faite en ce même lieu, suite à celle qui fut interrompue à la Cathédrale en raison du tremblement de terre de Lisbonne en 1755. Carlos III décida de changer La Lonja en lieu d’archive pour tous les documents concernant les possessions espagnoles des Indes. L’architecte Luis de Cintora dirigea les rénovations, entre 1785 et 1789, qui firent de ce lieu l’Archive Générale des Indes. Dans ce qu’il a réalisé, il faut citer le magnifique escalier principal en marbre polychrome, parfait exemple du maintient de la tradition baroque en cette époque tardive, face aux courants néoclassiques. Le sculpteur Blas Molner réalisa les étagères en acajou. L’impressionnante collection de l’Archive, avec 43 175 dossiers et 3 400 cartes, fut capitale pour l’histoire de la conquête et de la colonisation de l’Amérique.