La Desamortización de Mendizábal de 1835 permitió que el convento de la Merced se convirtiese en museo en 1841. Constituyeron sus fondos obras procedentes de los conventos y monasterios desamortizados. Con motivo de la visita de Isabel II en 1862 se inauguró la actual plaza del Museo que se abre en su frente y cuya disposición actual procede del diseño del arquitecto regionalista Juan Talavera en 1921. El convento de la Merced fue la mejor obra de Juan de Oviedo, que transformó el antiguo convento medieval de estilo mudéjar, entre 1602 y 1612, siguiendo los esquemas manieristas.

La gran portada barroca, fechada en 1729, consta de dos cuerpos, en el segundo de los cuales se abre una gran hornacina en las que figuran la Virgen de la Merced, San Pedro Nolasco y Jaime I. El edificio se articula en torno a sus tres patios. El del aljibe sirve de entrada al Museo. El patio de los bojes es el que mejor conserva el diseño de Oviedo. El bellísimo claustro grande lo reformó Leonardo de Figueroa en 1724. En la intersección de los tres patios se encuentra uno de los mejores ejemplos de escalera barroca sevillana, la cual cubre una bóveda decorada con yeserías. Juan de Oviedo proyectó la iglesia inspirándose en la Casa Profesa de la Compañía de Jesús de Hernán Ruiz II.

El Museo de Bellas Artes, considerado la segunda pinacoteca de España tras el Prado, es lugar insustituible para conocer la Escuela Sevillana de Pintura del XVII. Cuenta con obras pictóricas y escultóricas desde la Edad Media a la primera mitad del XX: Pedro Millán, Lorenzo Mercadante, Alejo Fernández, Cristóbal de Morales, Lucas Cranach, Pietro Torrigiano, Pacheco, El Greco, Alonso Vázquez, Juan de Roelas, Herrera el Viejo, Alonso Cano, Martínez Montañés, Juan de Mesa, Pedro de Mena, Velázquez, Zurbarán, Murillo, Valdés Leal, Lucas Valdés, Domingo Martínez, Juan de Espinal, Goya, Esquivel, Valeriano Bécquer, Madrazo, García Ramos, Jiménez Aranda, Gonzalo Bilbao, Bacarisas, etc.